Menurut Sela Soemarjan menyikapi serat Raja Kapa-kapa. Raja Mataram meliliki 3 jenis wahyu, yaitu wahyu nubuwah, wahyu hukumah dan wahyu wilayah.

wahyu Nubuwah menunjukkan raja sebagai wakil Tuhan

Wahyu Hukumah menunjukkan raja sebagai sumber hukum

wahyu Wilayah menempatkan raja sebagai penguasa dunia

Pembagian Wilayah :

Keraton : tempat tinggal raja, sekaligus pusat pemerintahan.

Kuthanagara : sekeliling keraton yang merupakan ibukota keraton Mataram.

Nagari Ngayogyakarta meliputi:
(1) Kota tua Yogyakarta (di antara Sungai Code dan Sungai Winongo), dan
(2) Daerah sekitarnya dengan batas Masjid Pathok Negara.
Nagara Agung meliputi:
(1) Daerah Siti Ageng Mlaya Kusuma (wilayah Siti Ageng [suatu wilayah di antara Pajang dengan Demak] bagian timur yang tidak jelas batasnya dengan wilayah Kesunanan),

(2) Daerah Siti Bumijo (wilayah Kedu dari Sungai Progo sampai Gunung Merbabu),

(3) Daerah Siti Numbak Anyar (wilayah Bagelen antara Sungai Bagawanta dan Sungai Progo),

(4) Daerah Siti Panekar (wilayah Pajang bagian timur, dari Sungai Samin ke selatan sampai Gunungkidul, ke timur sampai Kaduwang), dan

(5) Daerah Siti Gadhing Mataram (wilayah Mataram Ngayogyakarta [suatu wilayah di antara Gunung Merapi dengan Samudera Hindia]).

Pembagian Mataram dan Manca Nagara pada tahun 1757.
Manca Nagara meliputi:
(1) Wilayah Madiun yang terdiri dari daerah-daerah:
(a) Madiun Kota,
(b) Magetan,
(c) Caruban, dan
(d) Setengah Pacitan;
(2) Wilayah Kediri yang meliputi daerah-daerah:
(a) Kertosono,
(b) Kalangbret, dan
(c) Ngrowo (Tulung Agung);
(3) Wilayah Surabaya yang meliputi daerah Japan (Mojokerto);
(4) Wilayah Rembang yang meliputi daerah-daerah:
(a) Jipang (Ngawen) dan
(b) Teras Karas (Ngawen);
(5) Wilayah Semarang yang meliputi daerah-daerah:
(a) Selo atau Seselo (makam nenek moyang raja Mataram),
(b) Warung (Kuwu-Wirosari), dan
(c) Sebagian Grobogan.

Pemerintahan dibedakan menjadi dua urusan besar yaitu :
Parentah Lebet (urusan dalam) yang juga disebut Parentah Ageng Karaton
Parentah Jawi (urusan luar) yang juga disebut Parentah Nagari.

Sultan memegang seluruh kekuasaan pemerintahan negara. Dalam menjalankan kewajibannya sehari-hari Sultan dibantu lembaga Pepatih Dalem yang bersifat personal.

Pada mulanya pemerintahan urusan dalam dan urusan luar masing-masing dibagi menjadi empat kementerian yang dinamakan Kanayakan. Kementerian urusan dalam adalah:

(1) Kanayakan Keparak Kiwo,
(2) Kanayakan Keparak Tengen,
yang keduanya mengurusi bangunan dan pekerjaan umum;

(3) Kanayakan Gedhong Kiwo,
(4) Kanayakan Gedhong Tengen,
yang keduanya mengurusi penghasilan dan keuangan.

Kementerian urusan luar adalah
(5) Kanayakan Siti Sewu,
(6) Kanayakan Bumijo,
yang keduanya mengurusi tanah dan pemerintahan

(7) Kanayakan Panumping,
(8) Kanayakan Numbak Anyar
yang keduanya mengurusi pertahanan.

Masing masing kementerian dipimpin oleh Bupati Nayaka yang karena jabatannya juga merupakan komandan militer yang memimpin pasukan kerajaan dalam peperangan.

Kawedanan Pengulon :Untuk menangani urusan badan khusus agama
Badan ini mengurus masalah peribadatan, perawatan masjid-masjid kerajaan, dan upacara-upacara keagamaan istana, serta urusan peradilan kerajaan dalam lingkungan peradilan syariat Islam.

Urusan regional di luar ibukota dibagi menjadi beberapa daerah administratif yang dikepalai oleh pejabat senior dengan pangkat Bupati yang di koordinasikan dengan Pepatih Dalem.
Tugas-tugasnya meliputi pengelolaan administrasi lokal, hukum dan peradilan, pemungutan pajak dan pengiriman hasil panenan melalui bawahannya, Demang, dan Bekel.